南京市中醫院（南京中醫藥大學附屬南京中醫院、南京市中醫院互聯網醫院、南京市體育醫院）成立于1934年，現有2個院區：大明路院區主院區和夫子廟分院區；4個分院（緊密型醫聯體）：浦口分院（南京市浦口區中醫院）、高淳分院（南京市高淳中醫院）、濱海分院（鹽城市濱?？h中醫院）和伊寧市金陵維吾爾醫醫院?，F占地面積92畝，建筑面積31.1萬㎡，在職人數1985人，其中衛技人員1769人，高級職稱567人，碩博士507人。

南京市中醫院是新中國成立最早的中醫醫院之一，傳承金陵醫派，發展到現在已是一所中醫特色突出，現代醫技科室設置完善，急診急救水平過硬的現代化大型三級甲等中醫醫院。2018年成為南京市人民政府與南京中醫藥大學共建直屬型附屬醫院，是全國肛腸醫療中心、國家級區域診療中心，現有國家級重點學科1個（中醫肛腸病學），國家級重點?？?個；江蘇省重點學科1個（中醫腦病學），江蘇省重點?？?2個；南京市重點?？?9個。醫院有全國中醫師承指導老師6人，省、市級名中醫、名中西醫結合專家67人；設有國醫大師工作站4個、國家級名中醫工作室10個、省級名中醫工作室6個、市級名中醫工作室39個、國家及省級名中醫工作室基層工作站4個、市級名中醫工作室基層工作站24個。設立江蘇省省級院士工作站-顧曉松院士工作站、江蘇省中醫肛腸疾病臨床醫學創新中心、江蘇省研究生工作站、江蘇省博士后創新實踐基地、南京市中醫藥現代化與大數據研究中心、南京市中醫藥轉化醫學基地、南京市普外科臨床醫學中心、南京市醫學重點實驗室、南京市臨床生物資源樣本庫等。